Purpose:
主要说目的，relax的作用就是对一个给定的蛋白进行构象搜索，寻找与WT相似并能量低于WT的结构，既包含packer又包含minimizer。主要的应用在对一个结构构象进行取样，获得一个构象assembly，同时还能应用于相似结构的比较，结构优化等，它主要能对空间结构中的clash进行释放，使整个结构的能量更优。
Demos：
关于relax的教程及相关文件可见
Run:
1. relax最简单的运行方式为 relax.linuxgccrelease -s 1ubq.pdb -out:suffix _crystal @crystal_score_flags ，其中crystal_score_flags为空文件，这一步命令的主要作用是产生score_crystal.sc文件并让大家熟悉relax最简单的运行方式，注意score中的total_score。
2. 然后，运行 relax.linuxgccrelease -s 1ubq.pdb -out:suffix _relaxed @general_relax_flags ，general_relax_flags的详细参数如下：
-nstruct 2
-relax:default_repeats 5
-out:path:pdb ./tutorial_output
-out:path:score ./expected_output
其中第一行的参数表示rosetta将进行两次独立的relax进程并产生两个relax后的结构( -nstruct 2 )，每个独立的进程进行5此循环侧链repack和minimization( -relax:default_repeats 5 )， -out:path:xx 参数控制结果输出路径，pdb文件输出到./tutorial_output路径中( -out:path:pdb ./tutorial_output )，score文件输出到./expect_output文件中( -out:path:score ./expected_output )。
比较1和2的结果，你会发现score文件中total_score有显著的差别，因为1中参数规定根据晶体能量函数对结构进行优化，2中根据其内部评分函数对结构进行优化，并将蛋白质优化到一个local minimum。
参数 -relax:default_repeats N 规定可以对结构循环几次，由1到10，但是经过尝试发现，随着N值增加，优化的效果会逐渐递减，N=5作为默认值，即可达到一个速度时间与效果的最优值，所以N值可以不变，N=5不变的话，这个选项也可以忽略。
Modifying the scope of Relax
Restricting the conformations that Relax can sample
使用下面的参数可以为relax提供一个movemap文件，
1 -in:file:movemap
执行下面命令：
$>../../../main/source/bin/relax.default.linuxclangrelease -s 1ubq.pdb -out:suffix _lever_arm -in:file:movemap lever_arm_movemap @general_relax_flags
下面参数可以分别控制蛋白侧链，主链和domain间的move，
1 -relax:chi_move false
2 -relax:bb_move false
3 -relax:jump_move false
使用下面的命令可以对上述三项参数进行测试：
$>../../../main/source/bin/relax.default.linuxclangrelease -s 1ubq.pdb -relax:chi_move false -out:suffix _no_sidechain_motion @general_relax_flags
$>../../../main/source/bin/relax.default.linuxclangrelease -s 1ubq.pdb -relax:bb_move false -out:suffix _no_sidechain_motion @general_relax_flags
$>../../../main/source/bin/relax.default.linuxclangrelease -s 1ubq.pdb -relax:jump_move false -out:suffix _no_sidechain_motion @general_relax_flags
rosetta还允许使用下面三个选项对relax进行控制，以避免蛋白出现较大不友好的构象变化，
-relax:constrain_relax_to_start_coords
-relax:coord_constrain_sidechains
-relax:constrain_relax_to_native_coords -in:file:native
-relax:coord_cst_width
第一个选项会控制relax生成与程序输入pdb( -s 1ubq.pdb )相差不大的构象，第二个参数生成与提供的
$>../../../main/source/bin/relax.default.linuxclangrelease -s 1ubq.pdb -out:suffix _constrained_relax -relax:constrain_relax_to_start_coords @general_relax_flags
$>../../../main/source/bin/relax.default.linuxclangrelease -s 1ubq.pdb -out:suffix _constrained_relax -relax:constrain_relax_to_native_coords -in:file:native
$>../../../main/source/bin/relax.default.linuxclangrelease -s 1ubq.pdb -out:suffix _constrained_relax -relax:coord_cst_width
Changing the behavior of constraints
下面的参数可以解除relax过程中，伴随着程序运行时间变长，限制的权重逐渐降低的现象，简而言之，使用了此选项后，整个程序运行过程中，relax的过程将被绝对限制。
1 -relax:ramp_constraints false
运行下面的命令，可以证明上述参数的作用：
$> ../../../main/source/bin/relax.default.linuxclangrelease -s 1ubq.pdb -out:suffix _relaxed_with_resfile -relax:respect_resfile -packing:resfile 1ubq.resfile @general_relax_flags
Restricting the sequence it can sample
通常情况下，relax不会改变需要relax的序列范围，但是我们可以通过使用resfile，来控制relax的序列范围，当然这个选项只能控制repack，不能控制minimization，这个与enzymedesign过程中的resfile方法类似，
1 -relax:respect_resfile -packing:resfile *resfile*
允许下面的命令证明如何限制sequence：
$> ../../../main/source/bin/relax.default.linuxclangrelease -s 1ubq.pdb -out:suffix _relaxed_with_resfile -relax:respect_resfile -packing:resfile 1ubq.resfile @general_relax_flags
Conclusion
通常在不考虑 -ignore_unrecognized_res 和 -ignore_zero_occupancy false 的情况下，我们只需下面的options，即可完成relax，有时pdb中存在底物时，就需要用-extra_res_fa ligand.params文件作为输入了，general_relax_flags:
1 -s xxx.pdb
2 -nstruct 2 # big nstruct recommended
3 -relax:default_repeats 5
4 -out:suffix _relaxed
5 -out:path:pdb
6 -out:path:score
然后可以根据需求，添加以下参数：
-relax:constrain_relax_to_start_coords
-relax:coord_constrain_sidechains
-ex1
-ex2
-use_input_sc
-flip_HNQ
-no_optH false
命令为:
relax.linuxgccrelease @general_relax_flags